Olomoucké kláštery po josefínských reformách
V rámci svých „církevních“ reforem Josef II. rozhodl o rušení tzv. neužitečných klášterů (těch, které se nezabývaly charitativní či pedagogicko-vědeckou činností) na základě dekretu z 12. ledna 1782. Jejich sekularizovaný majetek pak užit „ve prospěch náboženské lásky k bližním“. Význam či starobylost řeholních domů nebyly zohledněny. Sekularizované kláštery pak sloužily různým zpravidla světským účelům, od vojenských budov přes slévárny apod. Ušetřeny samozřejmě nezůstaly ani kláštery v Olomouci.
Josef II. tak radikálně navázal na církevní reformy, která začala již Marie Terezie. Za její vlády došlo ke zrušení jezuitského řádu, což Olomouc citelně postihlo. Dosavadní univerzita byla r. 1778 přesunuta do Brna, Josef II. sice schválil její návrat do Olomouce (1782), ale jako „pouhého“ lycea. Budovy někdejšího jezuitského konviktu na dalších 200 let následně převzala armáda a z kostela Panny Marie Sněžné se stal vojenský – posádkový kostel.
Za Josefa II. došlo v Olomouci ke zrušení celé řady klášterů. V některých případech zůstaly kostely a kláštery zachovány, ale našly jiné využití, v jiných případech už není ani poznat, že budova byla někde klášterem. Někdejší kláštery či kostely na od konce 18. století a v první polovině 19. století změnily svůj účel či dokonce zanikly.
V některých případech se podařilo zachovat klášter spolu s klášterním kostelem pro nové řeholníky. Když u kostela Neposkvrněného Početí Panny Marie byl zrušen klášter františkánů včetně areálu svatých schodů (1784) podařilo se na přímluvu arcibiskupa Coloreda – Waldsee sem přesunout dominikány ze zrušeného kláštera sv. Michala. Dominikáni dostali kostel a přilehlý klášter, ale areál svatých schodů byl oddělen a určen pro světské účely. Kaple svatých schodů byla zrušena a její výzdoba snesena.
Dosavadní dominikánský klášter u sv. Michala byl zrušen a kostel sv. Michala se stal farním kostelem (po zrušení kostela Panny Marie na Předhradí. U tohoto kostela byla v roce 1802 byla zbořena věž a roku 1839 byl zbořen celý kostel. V polovině 19. století byla na jeho místě postavena budova okresního hejtmanství, kde dnes sídlí knihovna města Olomouce), byly sem také přeneseny ostatky sv. Jana Sarkandera ze zrušeného kostela Panny Marie. Do budovy někdejšího dominikánského kláštera po zrušení generálního semináře v Klášterním Hradisku byl přesídlen diecézní kněžský seminář. S tím souvisela i úprava někdejšího kláštera pro potřeby kněžského semináře. Mezi lety 1835 – 1851 došlo k klasicistní úpravě, v roce 1851 pak byla vysvěcena nově upravená budova arcibiskupem Maximiliánem Sommerau-Beeckhem.
V roce 1784 byl také zrušen premonstrátský klášter Klášterní Hradisko. V budově zrušeného kláštera nejdříve sídlil generální seminář do roku 1790 a po jeho zrušení převzala budovu armáda, která budovy nejdříve využívala jako skladiště. V roce 1800 zde byli umístěni francouzští vězni a o dva roky byl někdejší klášter přeměněn ve vojenskou nemocnici, která zde funguje dodnes.
Premonstrátský klášter byl zrušen také u poutního kostela na Svatém kopečku, po nuceném odchodu poutní areál chátral, ale v roce 1846 se premonstráti vrátili zpět na Svatý kopeček, obnovili klášter a podpořili rozvoj poutního místa, kde působí (vyjma období komunistické diktatury 1950 – 1990) i nadále.
Klášter augustiniánů-kanovníků (dnes dům Armády, třída 1. máje) včetně kostela všech svatých. Po zrušení r. 1784 byly budovy včetně kostela zbořeny (dochovány jen fragmentárně). Západní část kláštera včetně kostela byla zbořena mezi léty 1808 – 1814. Mezi lety 1814 – 1822 byla část kláštera (která byla vybudována mezi lety 1763-65) přebudována v kadetní školu, která zde sídlila v letech 1808-1868. Ve 2. polovině 19. století zde pak byla dělostřelecká škola, a v r. 1866 také cholerový špitál. Později pak sídlo vojenského velitelství. V roce 1817 se v kadetní škole narodil historik umění Rudolf Eitelberger von Edelberg (1817-1885)
Podobně zanikl klášter minoritů u sv. Jakuba (dnes budova Filozofické fakulty, ulice Křížkovského). Klášter a kostel zanikl po roce 1785, v jeho areálu byla zřízena nemocnice, která na začátku 20. století nahradila budova dívčí školy tzv. Elisabethina s učitelským ústavem.
Zatímco některé mužské řády (kapucíni, dominikáni) mohly v Olomouci nadále působit a klášter jim zůstal zachován nebo jim byl určen jiný, všechny dosavadní ženské kláštery byly zrušeny.
Klášter klarisek s kostel sv. Kláry (dnes budova Vlastivědného muzea v Olomouci) byl od poloviny 18. století radikálně barokně přestavován, v dokončovaném kostele sv. Kláry se od r. 1780 konaly bohoslužby, ale záhy v r. 1782 jako jeden z prvních klášterů v Olomouci byl na základě dekretu Josefa II. klášter zrušen a nejprve předán k užívání generálnímu semináři, ale velmi záhy byla do kostela sv. Kláry přesunuta univerzitní (lycejní) knihovna. Na začátku 20. století byl pak kostel adaptován pro muzejní účely.
Podobně byl zrušen klášter sester dominikánek s kostelem sv. Kateřiny (Kateřinská ulice), ale hned v r. 1784 byl kostel a klášter předán do užívání voršilkám, které v Olomouci provozovaly tzv. hlavní školu pro dívky. Okolo roku 1844 došlo k regotizaci klášterního kostela sv. Kateřiny. V roce 1950 byly voršilky násilně vystěhovány z kláštera, po roce 1990 klášter připadl jako odúmrť státu, ale budova školy se vrátila církvi a sídlí zde Základní školy sv. Voršily.
Podobu Olomouce ovlivnilo nejen rušení klášterů, ale také i dalších kaplí. Takto zanikla např. kaple sv. Cyrila a Metoděje v areálu hřbitova u kostela sv. Mořice. Podobně byl r. 1784 zrušen kostel sv. Blažeje na Blažejském náměstí. Zrušený kostel byl využíván jako vojenské skladiště mouky až do roku 1839, kdy byly provedena demolice.